Limnoloji Laboratuvarı, Prof. Dr. Meryem Beklioğlu'nun liderliğinde göl ekosistemlerinin ekolojik yapı ve fonksiyonlarını, ve küresel değişimlerden nasıl etkilendikleri uluslararası (AB-Çerçeve ve Ufuk 2020) ve ulusal projeleriyle araştırmaktadır. Bu ekolojik araştırmalarda hidrolojik değişimlerin, küresel ısınmanın ve arazi kullanımının etkileri, deneysel ve diğer ekolojik araştırma yaklaşımları kullanılarak araştırılmaktadır. Laboratuvar ve yerinde in-situ Mezokozm deneyleri ekosistem süreçlerini mekanistik şekilde araştırmaktadır (Bkz METU- Mesocosms Sytem). Uzun dönemli ekolojik izleme ve paleoekolojik araştırmalarla zamansal çözünürlüğü arttıran yöntemleri, mekansal çözünürlüğü arttıran "zaman yerine mekan yaklaşımı" yöntemiyle birleştirerek kullanmaktadır. Tüm uzun dönemli araştırma verileri 'süreç temelli öngörü modelleme' de Limnoloji Laboratuvarının araştırma alanlarındandır. Tüm bu farklı araştırma yaklaşımlarında mikrobiyal döngü (bakteri, hetotrofik filagelat, siliyat), fitoplankton, zooplankton, sucul bitkiler ve balıklar olmak üzere tüm trofik grupların biyokütle ve çeşitlilikleri (tür çeşitliliği, karakter çeşitliliği, fonksiyonel çeşitlilik vb.) araştırmaların kapsamındadır.