Prof. Dr. Meryem Beklioğlu'nun liderliğindeki Limnoloji Laboratuvarında, göl ekosistemlerinin ekolojik yapı ve fonksiyonlarını ve bunların küresel değişimlerden nasıl etkilendiklerini uluslararası (AB-Çerçeve ve Ufuk 2020) ve ulusal projeler ile araştırmaktayız. Hidrolojik değişimler, küresel ısınma ve arazi kullanımının etkilerini, deneysel ve diğer ekolojik araştırma yaklaşımları kullanarak, hem tatlı hem de tuzlu sığ göllerde araştırmaktayız. Ekosistem süreçlerini mekanistik şekilde anlamak amacıyla, laboratuvar tabanlı, yerinde (in-situ) ve karasal mezokozm deney düzeneklerini  güncel olarak kullanılmaktayız (Bkz METU- Mesocosms Sytem). Zamansal çözünürlüğü yüksek uzun dönemli ekolojik izleme ve paleoekolojik araştırma yöntemlerine ek olarak mekansal çözünürlüğü yüksek "zaman yerine mekan yaklaşımı" gibi yöntemler kullanılarak, küresel iklim değişikliğinin ekosistem yapısı üzerindeki etkilerini anlamaya çalışıyoruz. Tüm bu farklı araştırma yaklaşımlarında, mikrobiyal döngü (bakteri, hetotrofik filagelat, siliyat), fitoplankton, zooplankton, sucul bitkiler ve balıklar olmak üzere tüm trofik grupların biyokütle ve çeşitliliklerine (tür çeşitliliği, karakter çeşitliliği, fonksiyonel çeşitlilik vb.) odaklanmaktayız.